Chakra (チャクラ chakura?) Adalah sumber energi dasar yang diperlukan untuk ninja di Naruto untuk melakukan jutsu yang paling. Ninja menghasilkan chakra melalui kombinasi dari dua mereka energi: (? 身体 エネルギー shintai enerugī) energi fisik, yang diambil dari triliunan sel-sel yang membentuk tubuh manusia, dan energi mental (? 精神 エネルギー seishin enerugī), diperoleh melalui pengalaman dan meditasi. Setelah dibuat, chakra bergerak di seluruh tubuh dengan cara yang sama dengan sistem peredaran darah dan dikirimkan ke salah satu dari 361 poin chakra melepaskan [8] Dengan melakukan urutan terdiri dari dua belas segel tangan yang berbeda, chakra. kemudian dapat dimanipulasi untuk menciptakan efek-efek supernatural, seperti berjalan di atas air.
Selama Bagian II dari seri konsep manipulasi alam (性质 変 化 seishitsu henka?), Mengubah kualitas chakra, diperkenalkan. Alam memungkinkan manipulasi ninja, mengikuti pelatihan tertentu, untuk mengubah chakra mereka menjadi salah satu dari lima elemen:. bumi, air, api, angin, dan petir [9] Setiap elemen lebih kuat dan lebih lemah dari elemen yang lain, misalnya, api lemah terhadap air, tetapi dengan mudah bisa counter dan bahkan semakin kuat jika digunakan terhadap jutsu angin berbasis. [10] ninja Semua memiliki hubungan alamiah untuk salah satu dari lima unsur, yang memungkinkan mereka untuk menggunakan jutsu tipe yang dengan lebih mudah. Ninja dengan afinitas untuk kebakaran, misalnya, akan dapat bernapas api lebih cepat daripada mereka akan dapat memanipulasi air.
ninja Skilled dapat belajar bagaimana menggunakan unsur-unsur lain, ninja dari peringkat Jōnin biasanya mampu memanipulasi setidaknya dua elemen. Kakashi Hatake telah ditunjukkan menggunakan tiga elemen yang berbeda dalam manga Naruto dan keempat dalam adaptasi anime. Meskipun ninja ini dapat menggunakan unsur-unsur yang berbeda secara terpisah dengan sedikit usaha, menggabungkan dua elemen tidak mungkin bagi ninja yang tidak memiliki kecenderungan genetik untuk itu. Ninja dengan salah satu kemampuan genetik dapat mencampur dua elemen khusus untuk menciptakan negara yang sepenuhnya baru. Haku, antagonis diperkenalkan pada awal seri, dapat mencampur air dan angin untuk membuat es. Mokuton, kombinasi dari bumi dan air yang unik untuk Hokage Pertama, Danzo dan Yamato, memungkinkan pengguna untuk memproduksi kayu.